Toàn cầu hoá kinh tế được thông qua một kênh chủ yếu đó là hoạt động thương mại tự do. Thương mại tự do là một trong những động lực to lớn phát triển kinh tế của mỗi quốc gia. Các hoạt động thương mại không còn thuần tuý được điều tiết bởi quan hệ cung cầu trên thị trường quốc tế, mà còn chịu sự điều chỉnh của chính phủ. Tự do hoá thương mại chính là loại bỏ các biện pháp hạn chế hay bảo hộ thương mại của  chính phủ.

1. Vai trò của thương mại Nhật Bản
Nhật Bản là nước nghèo về nguyên liệu và năng lượng. Trong 8 loại nguyên liệu, năng lượng quan trọng nhất, quyết định quy mô và tốc độ phát triển của nền kinh tế, thì Nhật Bản phải nhập khẩu tới 99,7% dầu mỏ, 100% thuỷ ngân và nhôm, 90% quặng sắt, 86% than, 82% đồng, 62% kẽm, 57% chì. Với việc nhập khẩu này, Nhật Bản trở thành nước nhập khẩu nguyên liệu lớn nhất thế giới cả về quy mô và cơ cấu, chủng loại. Để bảo đảm nguồn cung cấp nguyên vật liệu, năng lượng ổn định, an toàn trong điều kiện thế giới đầy biến động, các tập đoàn kinh tế lớn của Nhật Bản đã tìm mọi cách để chi phối và đa dạng hoá các nguồn cung cấp tài nguyên, năng lượng. Thông qua hoạt động trao đổi thương mại và đầu tư ra nước ngoài của các tập đoàn tài chính lớn, Nhật Bản đã kiểm soát được 100% quặng sắt của Malaysia, 80% nguồn cung cấp gỗ và đồng của Philippines, 50% nguồn dầu thô của Indonesia, 30% cao su của Thái Lan.
Nhật Bản không ngừng tìm cách mở rộng thị trường ra nước ngoài. Hoạt động thương mại và những chính sách liên quan đến thương mại của Nhật Bản vẫn luôn là trọng tâm của  các cuộc cải cách cơ cấu của Nhật Bản. Đặc biệt, thương mại giữ vai trò ngày càng quan trọng trong nền kinh tế. Tỉ trọng xuất, nhập khẩu hàng hóa và dịch vụ của Nhật Bản tăng tương ứng tới 16% và 11% năm 2007. Mức tăng trưởng xuất khẩu nhanh hơn so với nhập khẩu phán ánh sự đóng góp tích cực của nhu cầu bên ngoài đối với tăng trưởng kinh tế của Nhật Bản, điều này một phần do cơ chế mở cửa của hệ thống thương mại đa phương. Năm 2007, thặng dư thương mại của Nhật Bản tăng đã phản ánh mức chênh lệch giữa tiết kiệm quốc gia và tổng đầu tư nội địa. Năm 2008. dự trữ ngoại hối của Nhật Bản tăng lên 997 tỉ đôla (so với mức 879 tỉ đôla năm 2006), tương đương với 21 tháng nhập khẩu của Nhật Bản.
Chính sách thương mại của Nhật Bản năm 2007 đề xuất một số biện pháp nhằm tự do hóa hơn nữa cơ chế thương mại và đầu tư của Nhật Bản. Tuy nhiên, từ sau cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu tháng 9 năm 2008, Nhật Bản không đưa ra những biện pháp thương mại mới để bảo hộ thị trường nội địa.
Tự do hoá thương mại là việc cần phải làm đối với tất cả các nước trong điều kiện hội nhập kinh tế. Tuy nhiên, tự do hoá thương mại cần phải được thực hiện theo những bước đi phù hợp. Nếu không chú trọng đến trình tự tự do hoá, Nhật Bản có thể phải gánh chịu những bài học đắt giá. Việc xác định lộ trình tự do hoá thương mại cần dựa vào đặc điểm, điều kiện và nội lực trong nước.

2. Chính sách thương mại Nhật Bản
2.1 Chính sách thuế quan
Thuế quan được áp dụng trước hết là nhằm mục đích tăng nguồn thu ngân sách cho chính phủ, ngăn chặn hàng nhập khẩu và bảo vệ hàng trong nước,  bảo vệ một ngành sản xuất quan trọng hay còn non trẻ trong nước.
Thuế quan là công cụ chính trong chính sách thương mại Nhật Bản. Tuy nhiên, đa số hàng nhập khẩu của Nhật Bản được miễn thuế hoặc áp dụng mức thuế quan thấp. Năm 2008, tỉ lệ thuế quan trung bình áp dụng Nguyên tắc đãi ngộ tối huệ quốc (Most Favored Nation - MFN) giảm xuống còn 6,1% (từ mức 6,5% năm 2006). Gần 99% dòng thuế quan có giới hạn và hầu hết tỉ lệ thuế quan áp dụng nguyên tắc đãi ngộ tối huệ quốc MFN đều xấp xỉ với tỉ lệ MFN cho phép. Đồng thời, việc không đánh thuế theo giá hàng (non ad valorem duties) được coi là đặc điểm quan trọng trong chính sách thuế quan của Nhật Bản, đặc biệt đối với các sản phẩm nông nghiệp. Mức thuế này chiếm khoảng 6,7% của tất cả các dòng thuế và được thể hiện rõ trong danh mục thuế quan của Nhật Bản.
Tỉ lệ thuế quan ưu đãi được áp dụng đối với 141 nước đang phát triển và 14 vùng lãnh thổ thuộc Hệ thống ưu đãi chung GSP (General System of Preference), trong đó năm 2007 chính phủ Nhật Bản đã mở rộng thêm danh mục các hàng hóa được hưởng mức trợ cấp ưu đãi tới 49 quốc gia kém phát triển, từ mức 86% tăng lên 98% đối với tất cả các hạng mục thuế quan. Các quốc gia hưởng lợi nhiều nhất từ GSP Nhật Bản là Trung Quốc, Thái Lan, Indonesia, Philippin và Việt Nam. Cơ chế GSP không bao hàm nhiều sản phẩm nông nghiệp và  một số sản phẩm công nghiệp khác.
Tỉ lệ thuế quan trung bình áp dụng đối với các nước trong hệ thống GPS là 4,9% và đối với các nước kém phát triển là 0,5% (giảm từ 3,3% năm 2006). Trong Hiệp định thương mại tự do song phương, Nhật Bản cũng dành khoản trợ cấp ưu đãi đối với hàng hóa nhập khẩu từ Singapore, Mexico, Malaysia, Chile, Thái Lan, Indonesia và Brunei. Tỉ lệ thuế quan trung bình trong các Hiệp định này dao động từ 3,3% (đối với Malaysia) và 3,9% (đối với Brunei).
Biểu thuế quan Nhật Bản được chia thành 21 phần theo chủng loại sản phẩm và đưa ra danh sách những mức thuế áp dụng đối với mỗi sản phẩm. Tuy nhiên, mức thuế được áp dụng trong thực tế có sự khác nhau, thậm chí đối với cùng một sản phẩm, tuỳ thuộc vào nước xuất khẩu cụ thể.
Nhật Bản vẫn duy trì ổn định mức kiểm soát xuất khẩu nhằm bảo đảm an ninh quốc gia và nhu cầu tiêu dùng trong nước một cách thích hợp đối với nông nghiệp và hàng hóa tiêu dùng cơ bản khác. Hơn nữa, để không phải kìm hãm, cản trở xuất khẩu, kế hoạch khấu trừ, chiết khấu được áp dụng để bồi thường cho thuế quan nhập khẩu đối với những hàng hóa nhập dùng để sản xuất phục vụ cho mục đích xuất khẩu. Ngoài ra, các khoản bảo hiểm, bảo đảm tài chính xuất khẩu cũng có thể được áp dụng. Chính phủ Nhật Bản hiện nay cũng đang khuyến khích xuất khẩu hàng nông nghiệp, chủ yếu bằng cách cung cấp thông tin cho người tiêu dùng ở nước ngoài.
Thông qua các vòng đàm phán, WTO luôn hướng mục tiêu cắt giảm thuế quan. Các nước thành viên không được phép tăng thuế lên trên mức trần đã cam kết trong biểu. Qua tám vòng đàm phán trong khuôn khổ GATT, đặc biệt là sau vòng Uruguay, thuế hàng công nghiệp bình quân của Nhật Bản được giảm xuống 3,8% và đồng ý cắt giảm 36% mức thuế hàng công nghiệp. Lợi nhuận và áp lực cạnh tranh đã thúc đẩy các nhà đầu tư sử dụng các công nghệ không thân thiện với môi trường để giảm thiểu tối đa chi phí sản xuất...Để hạn chế điều này, kinh nghiệm của nhiều nước là tiến hành đánh thuế môi trường. Chẳng hạn đánh thuế tiêu thụ đặc biệt về năng lượng để hạn chế sử dụng thái quá các nguồn năng lượng, đồng thời có nguồn thu để thực hiện các chương trình bảo vệ môi trường. Nguồn thu từ thuế môi trường sẽ không nhỏ nếu biết tận thu và đây chính là một nguồn lực để giải quyết từng bước vấn đề môi trường.

2.2. Chính sách phi thuế quan
Biện pháp phi thuế quan là những biện pháp nằm ngoài thuế quan, có liên quan hoặc ảnh hưởng trực tiếp đến sự luân chuyển hàng hoá giữa các nước. Hàng rào phi thuế quan là những biện pháp mang tính cản trở đối với thương mại mà không dựa trên cơ sở pháp lý khoa học hoặc bình đẳng. Hiện nay, nhiều biện pháp phi thuế quan đã được áp dụng một cách tinh vi nhằm bảo hộ sản xuất trong nước. Những biện pháp phi thuế quan được pháp luật thương mại quốc tế thừa nhận bao gồm: cấm xuất nhập khẩu, hạn ngạch, giấy phép, quyền kinh doanh xuất nhập khẩu, yêu cầu về tiêu chuẩn chất lượng hàng hoá, yêu cầu về nhãn mác hàng hoá, bao bì đóng gói, yêu cầu về hàm lượng nguyên vật liệu tái chế, yêu cầu về phương pháp và quy trình sản xuất, kiểm dịch, phương pháp xác định trị giá tính thuế hải quan, xuất xứ hàng hoá...
Định giá hải quan để tính thuế cũng có thể trở thành một rào cản lớn với hoạt động thương mại. Thí dụ như quy định về áp giá tối thiểu để tính thuế nhập khẩu.
Trợ cấp là một công cụ chính sách được sử dụng rộng rãi và phổ biến ở hầu hết các nước nhằm đạt các mục tiêu của Chính phủ về phát triển kinh tế - xã hội, ổn định chính trị... Trợ cấp là một khoản đóng góp về tài chính do Chính phủ hoặc một tổ chức Nhà nước cung cấp, hoặc là một khoản hỗ trợ thu nhập, hỗ trợ giá mang lại lợi ích cho đối tượng nhận trợ cấp.
Nhật Bản cũng áp dụng một số biện pháp phi thuế quan tương tự đối với các tiêu chuẩn về vệ sinh an toàn thực phẩm đối với các mặt hàng thuỷ sản. Những biện pháp hiện đang được triển khai đó là cấm nhập khẩu hoặc hạn chế số lượng nhập khẩu một số mặt hàng (ví dụ như một số loại thủy sản cá tôm). Thêm nữa, việc nhập khẩu một vài loại hàng hóa phụ thuộc vào yêu cầu giấy phép để đảm bảo an ninh quốc gia, bảo đảm sức khỏe, cuộc sống người tiêu dùng hoặc bảo tồn cuộc sống động, thực vật, cây cối và môi trường thiên nhiên. Những biện pháp cấm nhập khẩu của Nhật Bản hiện đang được áp dụng cũng phù hợp với những giải pháp của Hội đồng an ninh quốc gia Mỹ.
Nhằm mục đích bảo vệ sức khỏe con người, đồng thời bảo vệ các ngành sản xuất và chế biến trong nước, Nhật Bản áp dụng Luật Vệ sinh an toàn thực phẩm, Luật Chống gây nhiễm và kiểm soát các loại dịch bệnh, Luật Ngoại thương và Ngoại hối, Luật Thương mại với những quy định chặt chẽ, chỉ cho phép nhập vào Nhật Bản những loại thực phẩm đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm không gây hại cho sức khỏe của con người.

3. Tự do hóa thương mại của Nhật Bản
3.1. Sự chuyển đổi chính sách thương mại Nhật Bản
Cùng với quá trình toàn cầu hóa, chủ nghĩa khu vực phát triển mạnh mẽ cả về lượng và chất, Hiệp định thương mại tự do ngày càng trở thành xu hướng phổ biến đến mức dù muốn hay không các nước đều bị cuốn vào cuộc chơi. Nhật Bản là quốc gia thu được nhiều lợi ích nhất nhờ sự xuất hiện của môi trường thương mại mở toàn cầu. Vì vậy, Nhật Bản luôn cố gắng tập trung mọi nỗ lực mở rộng hệ thống thương mại thông qua việc theo đuổi các Hiệp định thương mại đa phương. Tuy nhiên, do sự thay đổi của thương mại thế giới, cũng như do những khó khăn của quá trình thỏa thuận các Hiệp định mậu dịch buộc Nhật Bản phải điều chỉnh chiến lược buôn bán của mình theo hướng tăng cường ký kết các Hiệp định thương mại tự do (FTA) với các nước trong khu vực, mà theo Nhật Bản, chính điều đó sẽ rất có lợi cho việc thúc đẩy ký kết các Hiệp định đa phương của WTO. Theo quan điểm của Nhật Bản, các hiệp định thương mại tự do song phương và khu vực bổ sung cho tự do hóa thương mại ở cấp độ đa phương. Tính đến tháng 2/2009, Nhật Bản đã ký kết được 11 FTA với các quốc gia Châu Á, Châu Âu... Chính sách tự do hóa thương mại của Nhật Bản bắt đầu thay đổi từ đầu những năm 2000 dựa trên những lý do sau:
Thứ nhất, nếu như Nhật Bản vẫn đơn phương theo đuổi chính sách thương mại đa phương, Nhật Bản sẽ bị cô đơn và gặp nhiều bất lợi. Trong khi đó, chỉ có Nhật Bản, Hàn Quốc và Trung Quốc là những nước lớn ở Đông Bắc Á vẫn chưa gia nhập vào bất cứ Hiệp định thương mại tự do nào với các nước khác. Trong khi đó hầu hết các đối tác thương mại của Nhật Bản đã ký kết các Hiệp định thương mại tự do (FTA). Điều khẳng định là, khi hai quốc gia đã ký kết FTA với nhau thì chắc chắn mối quan hệ thương mại của các nước này sẽ trở nên gần gũi và thân thiết với nhau hơn.
Thứ hai, Nhật Bản có thể thực hiện những cuộc cải cách cơ cấu triệt để thông qua việc các cam kết chắc chắn về thuế được thực hiện bởi Hiệp định thương mại tự do FTA. Đây được coi là sức ép mạnh để khuyến khích cải cách cơ cấu. Ví dụ, ngành công nghiệp rượu của Canada rất yếu trước khi Canada và Mỹ ký hiệp định thương mại tự do Bắc Mỹ (NAFTA).  Khi có sự tham gia của bên ngoài thông qua FTA, ngành công nghiệp rượu của Canada trở nên cạnh tranh hơn, sản xuất rượu gạo có chất lượng cao hơn.
Thứ ba, các hiệp định thương mại tự do FTA thúc đẩy các cuộc cải cách thương mại đạt triển vọng nhanh hơn Tổ chức thương mại thế giới (WTO). Các thành viên của Tổ chức thương mại thế giới khó có thể có sự nhất trí cao bởi mức độ quan tâm và lợi ích rất khác biệt. Nhưng trong trường hợp FTA giữa hai hay nhiều nước, để đạt được sự nhất trí sẽ gặp ít khó khăn hơn.
Thứ tư, các công ty Nhật Bản thực sự cảm thấy thua thiệt do FTA của các nền kinh tế khác. Ví dụ, các công ty của Mỹ có thể xuất khẩu hàng hóa đến Mêxicô với thuế quan tự do theo qui định của Hiệp định thương mại tự do Bắc Mỹ (NAFTA). Hơn nữa, các công ty của Châu Âu cũng có thể làm như vậy nhờ FTA giữa EU và Mêxicô.
Thứ năm, quyết định của Trung Quốc trong việc đàm phán FTA với ASEAN năm 2001 cũng là sự kiện tranh luận, tạo áp lực thêm cho Nhật Bản điều chỉnh chính sách thương mại, hướng Nhật Bản quan tâm hơn đến FTA nhằm tránh thua thiệt về lợi ích kinh tế cũng như vai trò ảnh hưởng trong khu vực Đông Á.

Thứ sáu, việc theo đuổi chính sách tự do hóa thương mại theo hai gọng kìm của Mỹ (vừa tăng cường hợp tác kinh tế khu vực và thúc đẩy hợp tác kinh tế song phương) cũng tạo động lực mạnh cho sự chuyển đổi chính sách thương mại Nhật Bản. Mỹ không những đã thành lập Hiệp định thương mại tự do Bắc Mỹ (NAFTA) cách hàng chục năm, mà đã ký Hiệp định mậu dịch tự do với 5 nước Trung Mỹ (kể cả Costa Rica và En Xanvado) và cả Hiệp định thương mại tự do với Châu Á (Singapore, Thái Lan…).  EU cũng không đứng ngoài cuộc. Tính đến nay, trên thế giới đã có tới vài trăm FTA được ký kết. Riêng ở Châu Á, số FTA được ký giữa các nước Châu Á với nhau đã tăng từ mức 3 thỏa thuận (năm 2000) lên mức 56 thỏa thuận (tính đến cuối tháng 8-2009), đáng kể phải nói đến FTA giữa ASEAN với Trung Quốc, ASEAN với Ấn Độ, Hàn Quốc, Nhật Bản... đã biến ASEAN trở thành trung tâm của một môi trường tự do thương mại rộng lớn nhất trong lịch sử thương mại của khu vực.
Trong bối cảnh trên, Nhật Bản nếu không chuyển đối chính sách thương mại thì sẽ bị tụt hậu so với những nước khác trong các cuộc thương lượng mua bán hàng hóa, đồng thời có nguy cơ bị thua thiệt trong các cuộc thương lượng mậu dịch ở WTO do Nhật Bản phản đối tự do hóa mậu dịch hàng nông sản.
3.2. Nhân tố tác động chính sách tự do hóa thương mại Nhật Bản
Nhật Bản luôn thực hiện các chính sách tự do hoá thị trường như là một phần trong chiến lược thúc đẩy các qui chế mậu dịch đa phương trong khuôn khổ WTO. Như trên đã đề cập, Nhật Bản là một trong những nước được lợi nhiều nhất nhờ sự xuất hiện của môi trường mậu dịch mở toàn cầu. Tuy nhiên, do những khó khăn khác nhau cùng với quá trình thương lượng với các nước khác trong khuôn khổ WTO, nên Nhật Bản bắt đầu  điều chỉnh lại chiến lược thương mại của mình vào đầu những năm 2000 theo hướng tăng cường ký kết các hiệp định buôn bán khu vực. Nhật Bản không chỉ tìm cách ký các FTA thông thường đòi hỏi phải loại bỏ các hàng rào thuế quan và phi thuế quan đối với mậu dịch hàng hóa, mà còn nhấn mạnh đến sự cần thiết phải đẩy mạnh hợp tác kinh tế toàn diện trong các lĩnh vực như dịch vụ, di chuyển lao động....Nhật Bản rất tích cực xây dựng một định chế hợp tác khu vực dựa trên 2 lý do chính sau: Thứ nhất, cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ Châu Á năm 1997-1998 cho thấy cần có một định chế hợp tác khu vực để ngăn ngừa những bất ổn tương tự; Thứ hai, song song với các vòng đàm phán do WTO chủ trương, chủ nghĩa khu vực đã phát triển mạnh tại nhiều nơi khác trên thế giới. Xu thế này đã thúc đẩy Nhật Bản chuyển hướng theo trào lưu này. Quan điểm chính sách của Nhật Bản đối với các FTAs chịu ảnh hưởng của nhiều nhân tố, trong đó nhân tố có ý nghĩa nhất là những nỗ lực của chính phủ Nhật Bản nhằm duy trì các qui tắc mậu dịch tự do của WTO, Hơn nữa, việc ký kết các hiệp định thương mại khu vực được coi là cách thức tốt nhất để đạt được mục tiêu cuối cùng của Nhật Bản là thiết lập một cơ cấu phân công lao động quốc tế mới ở Đông Á, ở đó Nhật Bản chiếm giữ vị trí cao nhất.

Bảng 1: Tác động của FTA song phương và đa phương

	GDP (%)
	FTA song phương ASEAN +4			FTA đa phương ASEAN +4
	2010	2020	2025	2010	2020	2025
ASEAN 10	3,27	4,20	4,43	2,62	3,33	3,50
Nhật Bản	0,52	0,72	0,75	1,99	2,40	2,46
Hàn Quốc	0,47	0,52	0,47	4,22	3,65	3,47
Trung Quốc	0,70	0,86	0,84	2,13	2,07	1,94
Ấn Độ	2,25	2,25	2,19	3,87	4,07	4,04
EU -25	-0,08	-0,08	-0,08	-0,10	0,00	-0,11
Mỹ	-0,10	-0,07	-0,07	-0,08	-0,06	-0,06

 

Để ký kết những hiệp định mậu dịch tự do khu vực, Nhật Bản đã áp dụng các tiêu chuẩn về nhân tố kinh tế, địa lý, chính trị... để lựa chọn đối tác FTA của mình:
Về nhân tố kinh tế: Nhật Bản ký các hiệp định thương mại tư do (FTA) với những nước không tác động tiêu cực đến sức cạnh tranh của các ngành công nghiệp trong nước của Nhật Bản. Các FTA mới này sẽ đóng góp vào những cải cách cơ cấu và phi điều chỉnh trong nước của Nhật Bản.
Về nhân tố địa lý: Nhật Bản chú trọng ký kết FTA với những đối tác ở khu vực Đông Bắc Á trong khi hạn chế tiếp cận tới các nước thuộc khu vực khác.  Điều này thể hiện rõ mục tiêu chiến lược của chính phủ Nhật Bản nhằm thúc đẩy sự liên kết kinh tế khu vực và tăng cường ổn định khu vực.
Về nhân tố chính trị: Các FTAs mà Nhật Bản ký kết sẽ không chỉ đem lại những lợi ích kinh tế, mà còn phải đóng góp vào việc cải thiện các quan hệ chính trị và ngoại giao khu vực. Ngoài những nhân tố trên, Nhật Bản cũng xem xét đến khả năng tổn hại đến cơ sở kinh doanh trong nước của sản phẩm nhập khẩu khi ký FTAs với nước khác (ví dụ như với Trung Quốc, Mỹ, EU…) bởi vì, Nhật Bản lo sợ sản phẩm nhập khẩu từ các quốc gia này sẽ tràn ngập thị trường trong nước, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất của thị trường  nội địa.
Tuy nhiên, những cản trở quốc tế và trong nước cũng đã làm nản những cố gắng khuyến khích FTA của Nhật Bản. Ở Nhật Bản xuất hiện xu hướng chống đối các Hiệp định thương mại tự do đối với ngành nông nghiệp và các ngành công nghiệp thiếu tính cạnh tranh. Những quan điểm phản đối cho rằng, các hiệp định như vậy chỉ đem đến những tác động tiêu cực đối với chính nền kinh tế Nhật Bản và cả những người sản xuất và tiêu thụ các sản phẩm có liên quan trong thoả thuận FTA . Ở bình diện quốc tế, những trở ngại hiện vẫn tồn tại ở Hàn Quốc và Trung Quốc do sự khác biệt về lịch sử. Hơn nữa, việc theo đuổi các Hiệp định thương mại tự do FTA đang đặt ra một số vấn đề, đó là:
Thứ nhất, các chính phủ hiện theo đuổi FTA như là một công cụ trong chính sách thương mại gồm nhiều tầng nấc đan xen nhau, gồm cả song phương, khu vực và đa phương. Nếu có quá nhiều FTA mà không có sự điều phối thỏa đáng thì điều này sẽ đe dọa sẽ làm đổ vỡ tiến trình Doha.
Thứ hai, hầu như tất cả các FTA của Nhật Bản hình thành trong thời gian gần đây đều có nội dung toàn diện bao trùm các lĩnh vực dịch vụ và sở hữu trí tuệ, đặc biệt cả đầu tư và thương mại điện tử..., là những lĩnh vực chưa có quy định quốc tế chung. Vậy, các cam kết mang tính ràng buộc có thật sự phù hợp và thuận lợi, hay chúng lại đặt ra những rào cản mới cho các nước bên ngoài và tác động tiêu cực đến tiến trình đàm phán đa phương về các lĩnh vực này, giảm bớt thương mại của các nước không tham gia FTA.
Thứ ba, tham gia FTA dường như chỉ nhằm mục đích tự vệ để tránh bị gạt ra ngoài, chứ hoàn toàn không theo một chiến lược cụ thể, khiến tình  hình FTA nói chung trên thế giới càng thêm phức tạp, đặc biệt là tại Đông Á.  Nhật Bản trước những năm 2000 còn rất bàng quan, giờ đã trở thành nước ráo riết tìm kiếm FTA song phương, chủ yếu vì ngại các nước khác có FTA sẽ chiếm mất thị trường truyền thống của họ.

Thứ tư, các FTA đều được tiến hành một cách riêng rẽ hoàn toàn hoặc rất thiếu sự phối hợp tổng thể chung, không chỉ ở bình diện từng khu vực mà cả trong từng quốc gia. Nhật Bản, vừa tham gia cùng ASEAN, vừa đàm phán song phương riêng rẽ với Trung Quốc, Thái Lan, Philippines, nơi các bộ, ngành chủ chốt bất đồng với nhau về việc nên đàm phán riêng rẽ với từng nước hay đàm phán chung với cả khối ASEAN.
Thứ sáu, nếu tham gia nhiều FTA song phương, mà quy tắc xuất xứ của một loại hàng hóa nào đó lại khác nhau trong từng hiệp định, thì doanh nghiệp xuất khẩu mặt hàng đó chắc chắn sẽ gặp nhiều khó khăn. Chính phủ và cơ quan hải quan cũng sẽ rất vất vả. Đây là một thực tế mà nhiều doanh nghiệp đã than phiền.
Cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu 2008 đã cho thấy những hạn chế của việc phụ thuộc quá nhiều vào người tiêu dùng Mỹ và xuất khẩu của Châu Á để tăng trưởng. Vì thế cần phải tạo cầu bên trong khu vực Châu Á và làm sâu sắc hơn hội nhập khu vực. Để đạt được điều này, Nhật Bản phải đẩy nhanh các hiệp định tự do hóa thương mại (FTA) với các nước Châu Á. Nhật Bản đã ký hàng loạt Hiệp định mậu dịch tự do song phương (FTA) với các đối tác khu vực. Tuy nhiên trong “chiến lược tăng trưởng mới”  của Nhật Bản lại chưa hề nhắc tới FTA với Mỹ, Hàn Quốc và Trung Quốc, mà những hiệp định này sẽ là thành tố chủ chốt của một cộng đồng Đông Á. Mặc dù Mỹ muốn lôi kéo Nhật Bản - quốc gia có quy mô kinh tế lớn thứ 2 thế giới - gia nhập vào Hiệp định thương mại tự do Châu Á Thái Bình Dương, nhằm mục đích có thể đối kháng với Trung Quốc trong việc thiết lập quyền lãnh đạo tại khu vực thương mại Châu Á.  Bên cạnh đó, Mỹ cũng muốn kiềm chế Nhật Bản, bởi vì nước này đang tìm cách xây dựng một Cộng đồng kinh tế Đông Á – một khu vực kinh tế tự do độc lập. Nhưng Nhật Bản lại không tích cực theo đuổi FTA với Mỹ và EU do chính sách tự do hóa thị trường nông phẩm sâu rộng của những nước này.  Nhật Bản cũng chưa coi Nga là đối tác FTA khả thi do trao đổi kinh tế giữa hai nước chưa đủ lớn và những cải cách thị trường của Nga chưa hiệu quả.  Nhật Bản chỉ tập trung đẩy mạnh sự hợp tác kinh tế với Nga trên cơ sở từng dự án (ví dụ dự án phát triển nguồn khí tự nhiên ở Xiberi). Nhật Bản cũng chưa có dấu hiệu khả quan trong hình thành FTA với Hàn Quốc mặc dù trao đổi thương mại của 2 nền kinh tế lớn nhất khu vực chiếm tới 80% GDP toàn Đông Á. Khác với việc theo đuổi các Hiệp định tự do thương mại của Trung Quốc và Hàn Quốc (chủ yếu nhằm mở rộng hoạt động thương mại), mục tiêu FTA của Nhật Bản không chỉ là tạo điều kiện thuận lợi cho các hoạt động thương mại mà còn thúc đẩy môi trường kinh doanh và khuyến khích hợp tác kinh tế  với các nước đối tác nơi có các doanh nghiệp Nhật Bản đang hoạt động.